La Red Natura 2000 genera en España beneficios económicos muy superiores a los costes asociados a su conservación, pese a la percepción generalizada de que supone una carga económica. Los ecosistemas que la integran aportan valor directo e indirecto a la economía, incluyendo la mitigación de daños por inundaciones, incendios y otros riesgos naturales. Aunque no todos estos beneficios pueden medirse con precisión, las estimaciones disponibles sitúan su impacto económico anual en 43.661 millones de euros, lo que equivale aproximadamente al 4 % del PIB de España en 2014, poniendo de relieve su relevancia para la toma de decisiones y la asignación de recursos públicos.